Частина плутанини з приводу смерті Йонбенета Рамзі стосується не лише обставин, що стосуються її зникнення та відкриття, а й способу самої її смерті. Є кілька дивних подробиць про її вбивство, які змусили багатьох замислитись, чи воно було інсценовано, чи деякі аспекти мали на меті приховати справжнього вбивцю. Її вбили в Різдво в 1996 році, всього в шість років, і її тіло було виявлено у винному погребі її будинку, незважаючи на записки про викуп, виявлені її батьками, що свідчили про її викрадення. Отже, як помер ЙонБенет Рамзі?
Начальник поліції Марк Бекнер, який працював над справою Рамзі, коли це сталося, зробив AMD Reddit, в якому він обговорював деталі справи. За його словами, Джонбене вдарився в голову предметом, який, можливо, був ліхтариком чи чимось подібним, який переломив її череп і побив її у непритомному стані. Через сорок п’ять-дві години її задушили гарротою, виготовленою з шнура, і зламаною пензлем з дому Рамзі. Задушення - це те, що врешті-решт вбило її, каже Бекнер, але удар по голові в результаті вбив би її. Можливо, вона зазнала сексуальних зловживань, хоча начальник Бекнер вважав травмування її геніталій інсценованим. Її також знайшли зв'язаними руками та клейкою стрічкою через рот. На місці події була ДНК, але вона не відповідала жодному з підозрюваних поліцейських.
Є й інші дивні деталі. Поряд зі зламаною пензликом, інша частина якої була знайдена серед мистецьких поставок Патсі Рамзі, в шлунку Йонбенета знайшов ананас, який, як вважалося, він проковтнув лише за годину чи дві до смерті. Жоден з її батьків не пам’ятав, щоб дав ананас JonBenét, але на кухні була миска з ананасом. Це робить хронологію ще цікавішою - чи зловмисник встиг би перекусити Йонбене, написати записку про викуп у дві з половиною сторінки (в будинку навіть був потенційний перший проект записки), здивування Джонбене та потім чекати годину чи більше, щоб задушити її? Все, не залишаючи відбитків пальців позаду чи жодних ознак того, що будинок розбитий?
Однак місце злочину також було потенційно скомпрометовано багатьма людьми, що входили в будинок одразу після цього, включаючи родину та друзів Рамсей. І нові роки також з’явилися нові докази. Зараз вони думають, що на JonBenét, можливо, було застосовано електрошокери, а в підвалі було також два чіткі відбитки черевиків. На додаток до цього, в нижній білизні Джонбенета з ночі вбивства була знайдена кров, яка містила ДНК невідомої людини. ДНК не було узгоджено ні з ким із існуючої бази поліції, ні з когось із підозрюваних у справі. Це також не відповідало Рамсей.